Les droits aux congés pour raison de santé ont été modifiés depuis l’application de l’article 40 de la loi de transformation de la Fonction publique de 2019, au titre des ordonnances n° 2021-175 relative à la protection sociale complémentaire dans la Fonction publique et n° 2020-1447 portant diverses mesures en matière de santé et de famille dans la Fonction publique, et conformément à l’accord interministériel du 20 octobre 2023 (partie I : articles 1 à 4) qui engage l’État à garantir une meilleure prise en charge des pathologies longues.

Si le décret n° 2024-641 améliore le niveau d’indemnisation de certains congés, les conditions d’accès pour les contractuel·es, la situation des agent·es en attente de l’avis du Conseil médical (CM), le gouvernement à l’inverse a pris par le décret n° 2025-197 des décisions inacceptables sur l’indemnisation des congés de maladie ordinaires.

La présente fiche présente les congés pour raison de santé des agent·es dans la Fonction publique de l’État.

Ces congés pour raison de santé ont pour objet, d’une part, de justifier l’absence de l’agent·e au service en le ou la mettant en position régulière et, d’autre part, de lui attribuer une rémunération ou un revenu de remplacement durant l’incapacité temporaire de travail due à la maladie ou à un accident.

Mais elle ne traite ni de la procédure d’instruction et de saisine du Conseil médical, ni du dispositif de l’invalidité (un nouveau régime sera mis en place au 1er janvier 2027 au titre des garanties statutaires obtenues dans le cadre de l’accord prévoyance). Ces deux thèmes feront l’objet de prochaines fiches.

Pour info, le temps partiel pour raison thérapeutique et les congés liés à la parentalité font l’objet de fiches de l’UFSE-CGT (Union Fédérale des Syndicats de l’État CGT) dans la rubrique « Fiches droits et garanties des agents ». Les dispositifs de congés pour raison de santé des agents civils de l’État diffèrent selon le personnel concerné : fonctionnaire, titulaire et stagiaire, ou contractuel·le de droit public.

Sommaire :

Congés pour raison de santé des fonctionnaires :

• le congé de maladie ordinaire
• le congé de longue maladie
• la congé de longue durée
• la disponibilité d’office pour raison de santé
• le congé pour invalidité temporaire imputable au service

Congés pour raison de santé des contractuel.les de droit public :

• le congé maladie
• le congé de grave maladie
• le congé pendant une période d’incapacité
• le congé sans rémunération

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